在经过行星改造后诞生的水之星球“AQUA”上，观光城市新威尼斯中，人人憧憬的职业是操纵贡多拉的女性领航员，被称为“温蒂妮”。15岁的少女水无灯里怀揣成为温蒂妮（领航员）的梦想，从人类的故乡“Manhome”来到AQUA。她在拥有“水之三大妖精”之一美誉的艾莉西亚·佛罗伦斯经营的领航员公司“ARIA公司”中，日复一日地努力修行。与姬屋的蓝华、橘色行星的爱丽丝一同，虽然也会有烦恼，但她们正朝着成为正式温蒂妮的目标而努力。

故事发生在一个小镇上，冈崎朋也是光坂高中在校生，因为家庭原因他一直过着浑浑噩噩的生活。他不参加任何社团活动，唯一的朋友是春原阳平。 某天的上学途中，在樱花飞舞的坡道上，他邂逅了一名少女——古河渚，从此他的生活发生改变。渚因病休学一年，重返校园的她对周围环境感到相当不适应。她想加入戏剧部，然而戏剧部早已休部。朋也决定帮助她一起开展戏剧部的活动，二人关系变得越发亲密。随后不久朋也在图书馆中结识了一名天才少女一之濑琴美。

承接前作的篇章结构，重点是“解释篇”。它并非单纯的续集，而是用新的篇章补齐前作在世界观与人物行为动机上的逻辑结构，让之前的事件有更完整、更立体的呈现方式。整体气质更偏向解谜与推理。